Я использую полное дисковое шифрование AES чтобы предотвратить доступ посторонних к хвостам информации оставляемым программами в операционной системе. Саму секретную информацию храню в файловом контейнере зашифрованном Twofish. Какой шифр получается в итоге при записи данных в контейнер – каскадный AES-Twofish или иная смесь? Если иная смесь то замедление шифрования в контейнере сопоставимо с каскадным шифром или нет?

Кратко: другая смесь, не каскадный шифр.

С точки зрения теории всё выглядит так:

Блочный шифр — это зависящая от ключа псевдослучайная перестановка всех возможных открытых текстов во все возможные шифртексты в пределах размера блока.

Каскад из двух шифров — это шифрование с помощью шифра E' открытого текста P ключом k₁ и повторное шифрование результата с помощью шифра E'' ключом k₂ с получением на выходе шифртекста C:

C = E''_k2 ( E' _k1 (P))

Получается последовательное склеивание двух перестановок в каскад — одну перестановку в виде гетерогенного шифра с двумя ключами и разными структурами раундов, что и обеспечивает трудность криптоанализа.

При размещении криптоконтейнера в виде файла он лежит на файловой системе с некоторыми заголовками, отформатированными блоками и прочей служебной информацией. Это даёт некоторые предположение о попадаемом между шифрами открытом тексте. И даже если он неизвестен, то принцип непосредственного соединения двух перестановок в одну нарушается. Это может способствовать нахождению различителей. Результат не является перестановкой из-за попадания между шифрованиями посторонних данных.

Максимум, что вы получаете — это раздельное использование разных ключей для разных секретов.

С точки зрения практики — это однако всё равно даёт некоторое повышение безопасности и даже устойчивости к криптоанализу, но не каскад.